В задачи сотрудников Республиканского Центра крови в Бишкеке входит организация и контроль над деятельностью специализированных служб, которые обеспечивают организации здравоохранения Кыргызстана компонентами крови и препаратами, сделанными на её основе. Здесь заготавливают, перерабатывают, обеспечивают безопасное хранение и перевозку донорской крови, а также её компонентов. Сотрудники Центра крови в Бишкеке занимаются комплектацией и ведут учёт донорских кадров, проводят обследование доноров, при необходимости организуют профилактические мероприятия.
Одной из функций центра является распределение в медицинские организации республики гемотрансфузионных сред, осуществление контроля над их использованием, а также помощь консультативно-методического характера.
Также в Центре крови в Бишкеке планируют и координируют деятельность всех имеющихся в Кыргызстане служб крови; осуществляют внедрение прогрессивных технологий; оценивают потребности республиканских служб крови; разрабатывают стратегические планы по развитию в республике донорства.
В РЦК функционирует лаборатория клиническая, бактериологическая, иммунологическая и диагностики СПИДа.