Формирование системы юстиции Кыргызстана началось более 100 лет назад. В те годы после основания Киргизской АССР в 1917 году было создано национальное правительство, состоящее из нескольких комиссариатов, включая комиссариат юстиции.
Очередная веха в истории Министерства юстиции Кыргызстана началась с распадом СССР и образованием самостоятельного государства. С этого времени сотрудники Минюста КР начали подготавливать проекты законодательных документов, проводить их юридическую экспертизу, заниматься совершенствованием законодательства, обеспечивать организацию деятельности судов. Также в область деятельности Минюста КР в Бишкеке входит руководство нотариатом и адвокатурой, учреждениями судебного направления и органами ЗАГСа, проведение правовой работы на предприятиях народного хозяйства и правовой ликбез граждан республики.
Сегодня министр юстиции Кыргызстана вправе вносить представления Президенту, а также Правительству, касающиеся привлечения к различным видам ответственности должностных лиц. Представления могут быть связаны с выявлением фактов неисполнения (отказа от исполнения) государственных законов, указов Президента, а также постановлений Правительства Кыргызской Республики.